O templo da Igreja das Chagas do Seráfico Pai São Francisco da Venerável Ordem Terceira de São Francisco da Penitência, mais conhecida como “Igreja das Chagas”, foi inaugurada em 11 de setembro de 1787. 

A antiga capela foi demolida em 1783, e substituída por um templo com maior espaço. A construção começou em 1787, como mostra a placa colocada à sua entrada.

O registro histórico mostra que, na fase final das obras, decidiu-se que a fachada seria um prolongamento da igreja conventual e a antiga capela, com planta octogonal, seria transformada em transepto. Para isso, utilizou-se uma técnica de taipa de pilão com embasamento de pedra. 

Até hoje seu interior encontra-se bem conservado, com vários retábulos laterais em talhas de estilo rococó. A cúpula octogonal é ornada com pinturas do final do século XVIII e, em outras dependências, trabalhos do mesmo período. O local também abriga, na Capela de Nossa Senhora da Conceição, o antigo retábulo executado por Luiz Rodrigues Lisboa, entre os anos de 1736 e 1740.

Entre 2011 e 2012, a igreja foi restaurada, em parceria com o Ministério da Cultura, através da via Lei de Incentivo à Cultura. Um inventário das peças da igreja também foi feito. São 7 mil itens, entre obras de arte sacra, ornamentos e documentos. 

O prédio da Igreja das Chagas fica na Sé, mais especificamente no Largo São Francisco, 173. Juntamente com o Mosteiro de São Bento e a Igreja do Carmo (no atual Poupatempo), é um dos vértices do "Triângulo", região do atual Centro velho que lembrava um triângulo e que concentrava o núcleo da cidade de São Paulo nos seus primórdios. 

Por isso, além do caráter religioso, é um atrativo histórico e cultural para quem gosta de templos e quer se sentir no clima do século 17 e 18.